La réponse à cette question ne figure dans aucune loi fiscale (fédérale et/ou cantonale) mais a par contre fait l’objet de différentes décisions des tribunaux cantonaux. Ainsi, les autorités judiciaires du canton de Vaud ont considéré que l’indemnité de résiliation résultait de frais de financement consentis par le créancier et était de ce fait assimilable à des intérêts passifs. Ce principe a été confirmé par un arrêt non publié de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal vaudois, du 27 avril 2005.
Dès lors, le montant de l’indemnité mise à charge du propriétaire est déductible du revenu ordinaire, dans les limites fixées aux art. 33 al. 1 lit. a LIFD (fédéral) et 37 al. 1 lit. a LI (cantonal) ; en particulier, ajoutée aux intérêts passifs « ordinaires », elle ne saurait être déduite fiscalement pour un montant supérieur aux rendements de la fortune mobilière et immobilière, auxquels il y a lieu d’ajouter CHF 50'000. En revanche, si dans le cadre de cette démarche, le propriétaire change d’établissement bancaire et doit également s’acquitter de frais de dossier ou de constitution d’une nouvelle cédule hypothécaire, le tribunal a considéré que ces dépenses n’étaient pas déductibles du revenu (s’agissant de dépenses d’utilisation de celui-ci) mais constituaient une impense déductible du gain imposable en cas de vente ultérieure de l’immeuble.
Ainsi, en cas de changement de contrat de prêt hypothécaire, l’indemnité est déductible du revenu imposable du contribuable et les frais liés aux modalités relatives au nouveau contrat sont déductibles du gain réalisé lors de la vente de l’immeuble.
Cela étant, le paiement d’une indemnité de résiliation n’est pas seulement envisageable en cas de rupture d’un premier contrat au profit d’un second à des conditions plus favorables. En effet, en cas de vente de l’immeuble sans reprise de la dette hypothécaire par le nouvel acquéreur, l’indemnité restera due.
Dans un récent arrêt du 28 décembre 2009, le tribunal fiscal neuchâtelois s’est prononcé sur la qualification de l’indemnité de résiliation en tant qu’impense déductible du gain immobilier dans le cadre d’une vente immobilière. Le tribunal commence par rappeler que les dépenses liées à l’acquisition de l’immeuble ou à son amélioration sont des facteurs réducteurs de l’assiette de l’impôt sur les gains immobiliers. Au moment de la vente, les dépenses invoquées comme étroitement liées à l’aliénation ne peuvent être admises en déduction que si elles sont engagées en vue de la vente, et non pas lorsqu’elles n’en constituent qu’une conséquence. Ainsi, lors de la vente de l’immeuble sans reprise de la dette hypothécaire par le nouvel acquéreur, l’indemnité de résiliation est déductible au titre d’impense du gain réalisé par le vendeur. En effet, dans un tel cas, l’immeuble devant être vendu franc de tout gage, la résiliation du prêt hypothécaire est une condition nécessaire à la vente.